根っこが溶けていると言うのは、多分根っこの先に化膿があると言うことだと思います。化膿の状態によって、根っこの周りの骨がなくなっていく場合と根っこ自身が吸収されて短くなっていく場合があります。
消毒し、根充後何もしなくても痛かって、その後夜になると痛くなると言うことから言うと、まだ化膿が収まっていない可能性があります。
根っこの中にある神経は、1本の根っこに1本の神経が入っているというわけでなく、枝分かれしている場合があります(側枝と言います)ので、もう一度消毒しなおすことも検討されると良いと思います。
化膿性の病巣の場合、慢性化すると痛みが無くなっていく場合がありますので、注意が必要です。
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